Na území CHKO Bílé Karpaty je vyhlášeno celkem 52 zvláště chráněných území, z toho je pět v kategorii národní přírodní rezervace na celkové ploše 806,56 ha, jedno v kategorii národní přírodní památka na celkové ploše 18,82 ha, 16 v kategorii přírodní rezervace na celkové ploše 520,43 ha a 30 v kategorii přírodní památka na celkové ploše 208,45 ha. Celková plocha zvláště chráněných území v CHKO je 1554,26 ha, tj. cca 2,08 % plochy CHKO.

Ve stávající soustavě zvláště chráněných území je zastoupena reprezentativně většina typů biotopů charakteristických pro tuto oblast a MZCHÚ podchycují i nejvýznamnější naleziště zvláště chráněných (zařazených ve vyhlášce č. 395/1992 Sb.) a vzácných a ohrožených (zařazených na červený seznam) druhů rostlin a živočichů. Návrh nových zvláště chráněných území je minimální a je zaměřen na doplnění soustavy o lesní biotopy ve stupni pahorkatin (teplomilné doubravy, dubohabřiny), geologické lokality a pěnovcové mokřady. Pro zajištění předmětů ochrany jednotlivých MZCHÚ je rozhodující zabezpečení nezbytného managementu, zejména v územích jejichž předmětem ochrany jsou z hlediska biodiverzity unikátně bohaté bělokarpatské louky.